home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Atari Mega Archive 1 / Atari Mega Archive - Volume 1.iso / graphics / ms074.lzh / MOLSYS.TXT < prev    next >
Text File  |  1993-02-09  |  40KB  |  748 lines
  1. -------------------------------------------------------------------------------
  2.  
  3.             Preliminary Manual for MolSys v0.74
  4.  
  5. -------------------------------------------------------------------------------
  6.  
  7. © September 1992 Helion Graphics. Written by Robert Mellish & Howard Jones.
  8.  
  9. MolSys v0.74 is shareware and may not be distributed for profit or without 
  10. this text file. All source code, text files and file formats remain 
  11. copyright Helion Graphics. The programmers make no claim for accuracy or 
  12. fitness of purpose for MolSys or any of its related files and documentation.
  13.  
  14. About MolSys ------------------------------------------------------------------
  15.  
  16. MolSys is a molecular modelling package for the Atari ST. It requires an
  17. ST-mono monitor but should run irrespective of memory size. It was developed
  18. from MolView v2.5, MolBuild v0.7 and MolScript v0.1. These programs were
  19. inspired by a PC program written by Alan Mynett and published in the 
  20. October 1987 edition of Personal Computer World.
  21. MolSys is powerful, but quick and easy to learn and use, and is capable of
  22. directly printing output or producing files which may be imported into DTP
  23. packages for inclusion in documents. 
  24. MolSys was written using the Lattice C V5 development package from HiSoft.
  25.  
  26. Limitations of This Version ---------------------------------------------------
  27.  
  28. MolSys v0.74 contains only a limited animation function, and is also limited to
  29. a maximum of 100 atoms and 16 molecule fragments in memory at one time. To
  30. register for the latest version of MolSys, see the section at the end of this
  31. file. Please register if you like MolSys, and especially if you intend to use
  32. it for any serious work. Registering will encourage me to produce future
  33. versions with more features.
  34.  
  35. Changes From Previous Versions ------------------------------------------------
  36.  
  37. If you have used MolSys before, it will be necessary to re-install MolSys as
  38. the format of the MOLSYS.INF file has changed. More importantly, the format
  39. of MLS (molecule fragment) files has also changed, and so it is necessary to
  40. convert any you have made with previous versions of MolSys into the new format.
  41. This can be done with the supplied program MS_5_6.TTP. See its accompaning text
  42. file for instructions.
  43.   
  44. Installing MolSys -------------------------------------------------------------
  45.  
  46. Configuration of MolSys is done via the MOLSYS.INF file. This file is best
  47. edited by using the supplied installation program, MSI. The supplied INF
  48. file should allow you to run MolSys without need for further installation.
  49. Just double click on MOLSYS.PRG to begin. If you later want to adapt the
  50. installation, follow the instructions below.
  51.  
  52. You should first copy the MOLSYS.PRG, MOLSYS.RSC, MOLSYS.INF, SYSTEM.FNT,
  53. SYSTEM.FN8, MSI.PRG and MSI.RSC into the same folder, and then double click
  54. on MSI.PRG.
  55. After the credit dialogue, you are presented with a menu which allows
  56. you to access a series of dialogue boxes containing options and default
  57. values which you may change.
  58. The first dialogue is the main options. The first editable field is the
  59. file path of the resource file. Normally, this will just be '\', which
  60. will cause the program to search in the current directory. Note that if
  61. the resource file cannot be found, the program will abort.
  62. The second field is the file path and name of the 16x8 screen font to be used
  63. by MolSys. (Usually 'SYSTEM.FNT'). This path and name will also be used when
  64. MolSys loads the replacement 8x8 screen font, but with the extender '.FN8'
  65. substituted (i.e. 'SYSTEM.FN8'). These are optional, and the replacement fonts
  66. will not be used if the 'disabled' button is highlighted. These fonts are
  67. Harlekin format screen fonts.
  68. The third field is the default path of the molecule fragment files.
  69. The forth field is maximum number of atoms which may be added to the
  70. molecule. In this version of MolSys, this number cannot be set greater
  71. than 100. If you register, you will receive a version where the maximum
  72. number of atoms is limited only by available memory. On a 'clean' 520ST
  73. this value can be up to about 3000, which should be adequate for most
  74. purposes. By decreasing this number, it is possible to make more memory
  75. available for animation, ramdisks, print spoolers, desk accessories etc.
  76. The second dialogue is the default values dialogue. This allows the setting
  77. of the default translation distance, rotation angle, zoom level, size of
  78. spheres in reduced size mode and size of sticks in stickmode 3 (thick).
  79. It also allows you to set the units displayed in measuring operations
  80. to Angstroms (Å) or nanometers (nm). This option is currently not supported
  81. and nanometers are always used.
  82. The third dialogue allows the setting of the type of shading used to display 
  83. the various atom types. Clicking on an atom displays the type of shading used.
  84. Click on a shading type to change the display of the selected atom type to
  85. that shade.
  86. Clicking on 'Save and Exit' saves the MOLSYS.INF file and exits the program.
  87. Clicking on just 'Exit' exits without saving the file. 
  88.  
  89. Running MolSys ----------------------------------------------------------------
  90.  
  91. The file MOLSYS.INF should be in the current directory when MOLSYS.PRG
  92. is run, i.e. in the same directory as MOLSYS.PRG. On running, the program will
  93. attempt to load MOLSYS.INF and the resource file. If these files cannot be
  94. found the program will abort. It will then attempt to load the fonts, and then
  95. allocate memory for screen buffers and variables. If the program runs out of
  96. memory on loading, try decreasing the maximum number of atoms set.
  97.  
  98. Overview of Terms Used in MolSys ----------------------------------------------
  99.  
  100. In MolSys, a molecule consists of a number of sites and atoms. Atoms are shown
  101. by their chemical symbol (e.g. C,H,O,Cl etc.) and sites are shown by a number
  102. between 0 and 3. Sites are the only place where atoms may be placed. The type
  103. of site shows the type of atoms which may be placed there, 0 means all atoms,
  104. and 1,2 or 3 means only singly, doubly or triply bonded atoms. One of these
  105. sites or atoms will be the current (or marked) site or atom. In build mode,
  106. this site or atom will have a diamond-shaped marker placed around it. If
  107. stick mode is on, bonds between sites and atoms are shown by lines. 
  108. A collection of sites and atoms bonded together forms a molecule fragment.
  109. The fragments currently in memory can be shown on the fragment selector
  110. (see below), where the visibility of fragments can be turned on or off.
  111. One of these fragments will be the current fragment, and its title will appear
  112. at the top of the display. Note that the current fragment does not necessarily
  113. have to contain the current atom. The current fragment is the one on which
  114. normally all manipulations are made.
  115. Throughout MolSys, all distances are expressed in nanometres (1E-9 metres),
  116. and all angles in degrees.
  117.  
  118. Selecting Functions in MolSys ------------------------------------------------
  119.  
  120. When a function icon is selected (or the corresponding keyboard shortcut is
  121. pressed), the icon may invert, which means that further input is required.
  122. For functions such as the freehand rotate and move controls, the mouse cursor
  123. will change to an open hand, and the mouse moved to manipulate the molecule.
  124. For functions such as rotate bond and measure bond angle, the cursor will
  125. change to a cross and one or more atoms may be required to be selected.
  126. For all these functions, pressing the right mouse button will exit or cancel
  127. the function.
  128.  
  129. Dialogues in MolSys -----------------------------------------------------------
  130.  
  131. Certain dialogue boxes in MolSys show a small diamond in the upper right hand
  132. corner. Clicking on this allows you to drag the dialogue around the screen to
  133. see the screen beneath. The position you leave the dialogue in when you exit
  134. it will be the position it will subsequently reappear in when you next invoke
  135. the function.
  136.  
  137. Using MolSys ------------------------------------------------------------------
  138.  
  139. Once loaded, the program will show a bank of icons down the left side,
  140. and a large bl